いわゆる"モデルベースシミュレーション"用のソフトとMATLABの一番の大きな違いは、『MATLABは言語』だってことでしょうかね。
例えば、モデルベースだと適当な機能ブロックを画面上に並べて、それを線で繋ぐだけで良いですよね。ある機能ブロックから出力されているデータの中身は知っている必要がありますが、どんな形式(行列なのか構造体なのか)で出力されてるかまでは知る必要がありません。

一方、MATLABでは形式に注意していないと時々痛い目に遭います。
例えばフィルタリングをする関数。これ、入力引数を2次元配列にすることで、2つの独立した信号を1回の関数実行でフィルタリングすることができるんですね。
ただ1点注意が必要なのは、どうやって信号を切り分けているか。MATLABでは列ごとに1つの信号として切り分けているそうです。なので、3つの信号を1000行3列にまとめて入力すれば正しい処理が行われますが、3行1000列にまとめた場合、MATLABは1000本の信号が入力されたものとして処理します。
なので、MATLABはデータの形式に注意しなければならないのです。これが「MATLABは言語」と言っている由来です。

そんなわけで、MATLABで何か作りたいなら、それなりにMATLAB言語を理解してからにしてください。
手早くMATLAB言語に慣れるなら、PN符号生成器を作ると良いかもしれません。MATLABならではの配列操作のイメージも掴みやすいんで、おススメです。